Modern DNA Analysis Tools
Comprehensive suite for bioinformatics analysis. Calculate Phred scores, perform sequence alignments, and access essential software documentation.
Sequence Analysis
Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms for local and global sequence alignment with visual scoring.
Phred Score
Upload .fastq files to calculate quality scores (min, max, mean) and visualize distribution with confidence intervals.
Phred Score Calculator
Upload a .fastq file to analyze quality scores.
Sequence Alignment
Biotools Software Center
Essential software for DNA analysis, phylogeny, and evolutionary genetics.
Only windows version available to download, another version visit their official website
Panduan Setup Praktikum Bioinformatika
Panduan persiapan lingkungan kerja praktikum Bioinformatika, mulai dari pembuatan akun GitHub hingga konfigurasi Conda environment.
Membuat Akun GitHub
GitHub adalah platform berbasis cloud yang digunakan untuk menyimpan, mengelola, dan berkolaborasi dalam pengembangan kode menggunakan sistem Git.
Langkah Awal:
- Buka situs resmi GitHub.
- Klik tombol Sign up dan lakukan proses pendaftaran.
- Verifikasi email dan aktifkan 2FA (Two-Factor Authentication) untuk keamanan akun.
(Opsional) GitHub Student Developer Pack
Setelah registrasi dan aktivasi 2FA selesai, mahasiswa dapat mendaftar GitHub Student Developer Pack menggunakan email institusi (misalnya email UGM) serta scan kartu mahasiswa. Paket ini memberikan akses ke berbagai fitur premium, termasuk GitHub Copilot.
Memilih Metode Running
Setelah akun siap, tersedia dua opsi workflow:
🌐 Tutorial Running — Codespace
- Buka repository template: lab-biotek-bio-ugm/BISB211606
- Klik Use this template → Create a new repository
- Pada repository baru, klik tombol
<> Code - Pilih tab Codespace → Create new codespace
💻 Tutorial Running — IDE Lokal
Instalasi IDE
IDE (Integrated Development Environment) adalah perangkat lunak yang menggabungkan editor kode, compiler/interpreter, debugger, serta manajemen proyek dalam satu lingkungan kerja terpadu.
Clone Repository
Setelah instalasi selesai, buka IDE, buat file atau project baru, lalu lakukan clone repository GitHub.
1. Clone repository dengan mengetik:
git clone https://github.com/lab-biotek-bio-ugm/BISB211606.git
2. Pastikan repository sudah diunduh dengan mengetik:
ls
3. Pindah ke dalam folder BISB211606:
cd BISB211606
Persiapan Terminal & Conda
🪟 Windows
Pengguna Windows disarankan menggunakan Windows Subsystem for Linux (WSL) agar dapat menjalankan lingkungan GNU/Linux.
🍎 macOS & 🐧 Linux
Pengguna macOS dan Linux tidak perlu konfigurasi tambahan karena terminal UNIX sudah tersedia secara bawaan.
📦 Install Anaconda atau Miniforge
Troubleshooting — Conda Tidak Terdeteksi
Jika muncul error saat menjalankan perintah conda di terminal IDE,
kemungkinan besar sistem belum mengenali lokasi condabin pada
environment variables.
Langkah Perbaikan (Windows):
- Buka menu Start, lalu cari dan pilih Edit the system environment variables.
- Klik tombol Environment Variables.
- Pada bagian System Variables, pilih
Path, kemudian klik Edit. - Tambahkan lokasi folder
condabinke dalamPATH.
Cara Menemukan Folder condabin:
- Buka Anaconda Navigator.
- Klik kanan → Open file location.
- Cari folder bernama
condabin, lalu salin path lokasinya.
Contoh lokasi:
C:\Users\HP\anaconda3\condabin
Setelah ditambahkan, simpan perubahan, tutup terminal, lalu buka kembali agar
konfigurasi PATH terbaca oleh sistem. Restart IDE agar
konfigurasi
terbaru terbaca. Kemudian buka kembali terminal di dalam IDE dengan menekan
Ctrl + ` untuk memastikan environment sudah terdeteksi
dengan benar.
Conda Environment
Pastikan Anda sudah berada di dalam folder praktikum, lalu cek existing conda environment:
conda env list
Jika environment BISB211606 sudah ada:
Update environment dengan cara:
conda env update -f environment.yml
Jika environment BISB211606 belum ada:
Buat environment dari file resep conda:
conda env create -f environment.yml
Aktivasi Environment:
conda activate BISB211606
Kemudian Run All dan pilih kernel Python BISB211606.